Чемпионат страны команда СКА начинает с новым главным тренером – Г. Н. Сафроновым, который ранее работал вместе с В. И. Поздняковым. Вторым тренером назначен Александр Серафимович Блинов, в прошлом нападающий, а затем защитник и капитан команды СКА (1979-1989 г.г.) Сохранился почти весь основной состав команды (ее покинули только К. Двуреченский и Р. Файзиев), плюс пришли С. Воробьев, А. Маркин, В. Худяков и О. Малышев. 20-29 августа в Твери хабаровчане отстояли титул чемпиона Вооруженных Сил СССР.
На редкость много проблем обрушилось в этот период на отечественный хоккей. Ушла в тень всесоюзная федерация, ее правоприемница - федерация хоккея России, предложила собственную программу выхода из кризиса, противопоставив ее впоследствии планам созданной в январе Профессиональной хоккейной лиги, переименованной вскоре в Межнациональную. МХЛ в этот период получила в свой адрес солидную порцию критики, что в известной степени создало вокруг нашего хоккея весьма нервозную атмосферу. Немало эмоций и удивления среди поклонников хоккея вызвал состав МХЛ. Многие специалисты хоккея недоумевали, какими же принципами руководствовались создатели при комплектовании состава. Думается, что не спортивными. В противном случае в составе лиги, несомненно, должны были быть армейцы Хабаровска. Однако спортивные критерии были задвинуты на задний план, а на первый - были положены экономические. Вот так армейцы Хабаровска не по своей воле оказались участниками нового для себя турнира - открытого первенства России.
Армейцы довольно легко выиграли турнир в зоне "Сибирь - Дальний Восток". Однако на втором этапе "плей-офф" оступились, проиграв армейцам Самары, заняли в итоге 4-е место, отказавшись от матча за третье место с командой "Кристалл" (Электросталь).
Долгое время в среде болельщиков ходившие слухи о возможном расширении МХЛ на четыре команды в результате так и не подтвердились. Но, словно бы смягчая удар, республиканская федерация приняла решение о создании элитной лиги из 14 команд. Костяк его составили участники "плей-офф" открытого чемпионата России, в том числе и армейцы Хабаровска. Армейцы довольно успешно провели сезон и заняли второе место, лишний раз подтвердив свои истинные возможности. А победителями стали (причем второй год подряд) хоккеисты ЦСК ВВС из Самары. Перспектива на будущий сезон для команды весьма туманны. Руководство команды пытается войти в состав МХЛ, отправив все необходимые документы для перехода. Однако, кроме хабаровчан претендуют еще четыре клуба и судьба расширения МХЛ решалась простым голосованием. Совет МХЛ принял решение о расширении лиги до 28 команд. Но среди четырех новичков, вопреки спортивному принципу, хабаровский СКА вновь отсутствует. Президент МХЛ Роберт Черенков был предельно откровенен: "Экономическая ситуация в клубах такова, что мы не можем вас включить в лигу".
Команда СКА провела в составе хорошо известных и далеко не самых сильных команд Сибири и Дальнего Востока. Чемпионат России армейцы провели довольно уверенно, матчи предварительного этапа напоминали хорошо укатанную дорогу. Правда, это врядли можно расценивать как достижение. Наоборот это расхолаживало команду. Ведь настоящий хоккей начался лишь в "плей-офф", где хабаровчане оступились на сей раз в 1/4 финала, проиграв челябинскому "Мечелу".
Председатель Хабаровской краевой думы Виктор Озеров собирает 12 руководителей предприятий с целью создания общества акционеров, которые бы содержали хоккейный клуб. В конечном итоге, из 12 участников совещания, давших согласие оказывать финансовую помощь хоккейной команде, остаются администрация Хабаровского края и артель старателей "Амур". Получив значительную финансовую поддержку команда СКА заиграла с новой силой. Выиграв соревнования в своей зоне, хабаровчане с честью выступили в финальной части чемпионата, завоевав в тяжелой и напряженной борьбе первое место, став чемпионами России. И снова не все так просто. Почти все руководители клубов РХЛ воспротивились выступлению хабаровского клуба в элите российского хоккея. Только активное участие в решении этого вопроса главы администрации Хабаровского края Виктора Ивановича Ишаева, который на эту тему разговаривал с премьер-министром Виктором Степановичем Черномырдиным, а он в свою очередь, переговорил с Президентом федерации хоккея России Валентином Лукичем Сычем. Президент РХЛ поставил ребром решение этого вопроса в пользу хабаровской команды. Было принято решение о включении хоккейного клуба СКА (Хабаровск) в состав РХЛ.