41-й чемпионат страны отмечен новой формулой, турнир проводится в три этапа. На первом этапе 33 команды разделены на 6 территориальных зон и проводились игры с разъездами в 4 круга. Армейцы выступали в 4-ой зоне и первый этап закончили с такими показателями – 16 игр, +7=2-7, 3-е место. На втором этапе чемпионата команды 4-ой зоны, занявшие места с 1-ого по 3-е, играли против команд 5-ой зоны, также финишировавших на первом этапе в первой тройке. Хабаровчане вновь занимаю третью строчку таблицы (24 очка, +10=4-14). На третьем этапе, в матчах за 15-33 место, армейцы занимают 5-е место в своей подгруппе, что соответствует итоговому 19-му месту из 33-х. Команда получает право в будущем сезоне участвовать в розыгрыше Кубка СССР.
35 команд второй лиги образовали четыре региональные группы. Наши земляки играли в 4-ой группе и заняли там 1-е место (28 игр, +20=2-6, шайбы 121-77). Лучшим бомбардиром команды стал Игорь Марюхин – 26 очков (17+9). На втором этапе победители зон второй лиги (по четыре из каждой зоны) и неудачники первой лиги (по две) образовали две переходные группы: западную и восточную. Хабаровчане вошли в восточную, где заняли в итоге 3-е место (36 игр, +20=4-12, шайбы 152-104). По итогам переходного турнира команды "Металлург" (Новокузнецк) и "Металлург" (Челябинск) сохранили за собой право в сезоне 1988-1989 г.г. выступать в первой лиге. На втором этапе лучшим бомбардиром стал Юрий Фимин – 38 очков (19+19).
В зональном турнире СКА занимает первое место и вновь выступает в переходном турнире за путевку в первую лигу. На следующем этапе команда занимает 3-е место, пропустив вперед только команды первой лиги – металлургов Новокузнецка и Челябинска. В связи с реорганизацией и увеличением числа участников чемпионата страны в первой лиге, СКА получает путевку в первую лигу. Успех с игроками по праву разделяет руководство и администрация команды – главный тренер В. Поздняков, тренер Г. Сафронов, начальник команды В. Акимов, администратор С. Пыжов, врач П.Усенко. Команда в этом сезоне провела 64 игры (+40=6-18, шайбы 273-181). Лучший по системе "гол+пас" - Ю. Фимин, 58 очков (27+31), лучший снайпер – И. Алешин (32 гола).
СКА в первой лиге. Чемпионат проводится в два этапа. На первом этапе по 10 команд в Западной и Восточной зоне разыгрывают по два первых места. Затем по два лучших представителя от зон вместе с 6-ю неудачниками высшей лиги, без учета ранее набранных очков, разыгрывают четыре путевки в высшую лигу. Команды, занявшие места с 3-го по 10-е в турнире первой лиге, образуют группу из 16-ти команд, участники занявшие 14-16 места переходят во вторую лигу. На первом этапе СКА играет в Восточной зоне, ее соперники – "Салават Юлаев" (Уфа), "Сибирь" (Новосибирск), "Автомобилист" (Караганда), "Авангард" (Омск), "Молот" (Пермь), СКА (Новосибирск), "Луч" (Свердловск), "Металлург" (Новокузнецк), "Металлург" (Челябинск). Армейцы на первом этапе финишируют шестыми (32 очка в 34 играх, +12=4-18, кроме того наша команда получает 4 очка за неявку в Хабаровск новокузнецкого "Металлурга", соотношение шайб 92-107). Второй этап чемпионата армейцы провели в матчах против команд Западной зоны, в итоге набрано 60 очков, занято 10-е место. В том, что клуб выстоял в столь престижном турнире, большая заслуга, безусловно, всей дружины и ее руководства, но особой похвалы заслуживают вратарь Олег Филимонов, защитники О. Вевчеренко, М. Переяслов, О. Валко, Е. Кувеко, нападающие И. Алешин, С. Калугин, И. Марюхин, И. Трухачев, О. Днепровский, Ю. Качалов, А. Скабелка. Сезон 1989-1990 г.г. был не только удачным, но и весьма огорчительным для команды и ее болельщиков. В ночь на 11 мая 1990 г. после продолжительной, неизлечимой болезни, в возрасте 39 лет, скончался главный тренер команды, В. И. Поздняков. В прошлом защитник СКА, затем защищавший цвета ленинградского СКА, вернувшийся позже в свою родную команду, стал ее главным тренером и вывел ее в первую лигу. Память о В. И. Позднякове спортсмены и болельщики Хабаровска сохранят навсегда. Сезон 1989-1990 г.г. знаменателем и тем, что команда СКА (Хабаровск) стала чемпионом Вооруженных Сил СССР. Это почетное звание она завоевала в турнире, который состоялся в г. Калинине в августе 1989 г. В январе 1990 г. армейцы совершили дружеский визит на Аляску, где сыграли 5 товарищеских матчей с местным клубом "Alaska Gold Kings". Серия завершилась победой дальневосточников 3-2. С 27 января по 1 февраля 1990 г. в Хабаровске состоялся международный турнир по хоккею. В нем приняли участие команды США ("Alaska Gold Kings"), сборные КНР, Японии, команда хозяев. Армейцы выиграв все матчи, уверенно заняли первое место, второй была сборная Японии, третьими американцы. Лучшими стали: вратарь – Лейба Брайс ("Alaska Gold Kings"), защитник - О. Вевчеренко (СКА), нападающий – Такаи Такииоти (Япония). Самым результативным игроком турнира стал армеец Игорь Марюхин – 5 шайб. Во время церемонии закрытия турнира президент спортивного комитета США "Народы- народам" Леонардо Милтон от имени президента США Джорджа Буша вручил почетные свидетельства организаторам турнира и игрокам команды СКА. В адрес участников международного турнира и жителей Хабаровска поступили приветственные телеграммы от президента США Джорджа Буша и президента СССР Михаила Горбачева.